青原山的黄荆是普通却不平凡的灌木，说普通它满山遍野生长，每叶五片，对称长着，长在阴凉潮湿的地方更宽大粗壮，说不平凡，它成就了青原山的禅寺历史地位。尤其是经过七祖行思折断插活的那株黄荆，它有着多次的神话般的传奇色彩。当年行思把黄荆枝条倒插地中，默然祈愿能长大，便在此处扩大道场。倒插荆不但活过来了，长得还枝粗叶茂，蓬勃有生气。行思有佛性，他不但把安隐兰若拓展，成为禅宗一祖庭，还让青原山成为中国历史上极有文化价值的山，庙宇在这里守望了一千多年，禅宗在此弘扬了一千多年，恐怕都与这株倒插的黄荆有关。
明朝初年，由于统治者对佛教态度的原因，全国寺庙受到很大的影响，净居寺也不例外。香火不旺，信徒不多，庙宇残损得不到修复，净居寺的冷清达到历史上的最低点。到了正德年间（1506-1521），净居寺庙庭门可罗雀，时任庐陵知县的王守仁为了宣传致良知之学，见净居寺庙大而僧徒少，便在庙中开坛讲学。虽然此举被后人誉为荆杏双修的美名，对佛庙来说却是一个极大的讽刺。一座历史名寺少有人来供奉，让人办学办得有声有色。王守仁离开吉安后，他的弟子们仍在寺庙中讲学。寺庙主持不高兴了，一个好端端的禅宗祖庭，让读书人在这里聚众讲儒学，寺庙没一点面子可言。
心学家们很同情主持，也很大度，退出庙宇，在寺庙边上新建青原会馆，继续他们的心学会讲，实现青原山真正意义上的荆杏双修。奇怪的是，行思栽插的那株黄荆虽然干壮枝多，到了嘉靖年间（1522-1573），这株已经生长了八百多年的老荆树开始凋谢，树皮粗糙老死，春天出生嫩叶越来越少。人们都认为很正常，万物总有一个生老过程，荆树哪能免俗？到了万历年间，历时近九百年的荆树已枯死多年，再无生气，只有枯枝在山风中颤抖。
40年后，万历四十四年（1616），净居寺主持真元禅师见寺庙破败得不能立足，决意修复栋宇，葺新院庭。重修庙宇的第二年春天，这株高达十丈的枯荆居然在干枝处生出了嫩叶，经过春夏生长，横出一杆新枝，荆叶芃芃。
清初顺治十四年（1657）冬，笑峰大然和尚入主青原山，荆树又表现出神奇，第二年春，枯荆皮上生出嫩芽。民间传开后，知道净居寺重振辉煌的时期来临。没错，这位笑峰大然是江苏丹徒人，俗姓倪，名嘉庆，号朴庵，明末天启年间的进士、历官曹郎，因反对魏忠贤阉党，遭诬陷入狱七年。出狱后，跑到江西永修云居寺为僧，后来转师多处，来到青原山后，首次倡导收集净居寺院史料，编写青原山志。募修毘卢阁，为净居寺续旺香火作出很大贡献。尽管笑峰大然在净居寺主持不到三年，修志、构毘卢阁，还要求“方丈宜与殿同向，荆树之下合建祖堂，开炉禅众宜别一堂。禅堂九架，方丈六楹，斋堂三栋，酌其丰俭，以为舒缩。”大然师为净居寺再振曹洞禅风奠定了基础。
康熙三年（1664），药地大智禅师入主青原山。药地俗名方以智（1611-1671），安徽桐城人。崇祯十三年（1640）进士。明亡，退隐山林。受庐陵县令于藻请，来到净居寺。药地禅师主持净居寺后，得到施闰章的鼎力相助。施闰章倡导再兴青原讲会，对传心堂、五贤祠进行整修扩建，立祖关、圣域二坊，建见山、仁树两藏书楼，净居寺香火再次旺盛。药地继笑峰宏愿，完成《青原志略》编辑出版工作，广交政要文友，扩建寺院，严管山田，使净居寺达到历史上的鼎盛。神奇的是，药地在青原山近十年间，古老的荆树生出了第三枝新枝。老荆生机勃勃，以至康熙八年（1669），人们在净居寺依然可以“观倒插荆，摩开禧釜，山谷之诗、浮休之额盖与鲁公之书并峙。”从真元禅师到药地禅师的50年间，三位高僧有作为，枯荆三次再生，实是世间罕见之事。
清代咸丰年间（1851-186  ），太平天国军焚烧净居寺，荆树遭罪，枯萎后，再也不生新枝。至上世纪“文革”运动，有人趁机打劫，将这株历时一千之久的神树给砍伐了。